研究表明，自闭症儿童的智力测验和学习困难方面是由社会交往和沟通障碍所致。这两类障碍不仅是自闭症儿童的特征，也是对患儿实施标准化测试面临困难的根本原因。患儿在认知能力上是有缺陷的。事实上，大部分患儿存在某种程度上的认知缺陷，有些甚至很严重。约75%的患儿伴有智力迟缓问题。
自闭症儿童智力正常吗？大部分都智力落后。自闭症儿童和智力迟缓儿童的一个区别在于：两类孩子在智力测验分测验上的得分存在明显差异。后者在各领域的得分都相对较低，前者在不同测验或分测验中的表现往往呈现差异性模式，如在符号表征上的思维（如语言）和抽象推理能力方面测验得分较低，但在视觉—空间能力、机械记忆能力方面却获得高分。
另一争论点在于：自闭症儿童在标准评估中所得到的糟糕分数反映了其真实的认知障碍。也就是说，他们的智商与其他儿童的一样，智商分数在儿童的童年期和青少年期趋于相对稳定，并能预测其未来的受教育效果。
早期的研究人员认为，自闭症儿童并不伴有智力迟缓，因为他们存在“能力碎片（智力孤岛）”现象，即在某些功能领域有严重缺陷，但在某些领域表现极佳，甚至具有超常能力。许多患儿在某些生僻的领域表现出超常技能，在少数案例中，甚至已达到专家级水平。但整体而言，这些儿童所表现出的认知水平与其年龄相当，或接近一般水平。因为尽管其在某方面的能力看似超常，但其他方面能力较低。自闭症儿童常在机械记忆、数学计算、机械操作、音乐等方面表现出色。患儿家长往往对孩子能熟练操作录像机、准确记忆儿歌或在多年之后仍能记得某件商品在店里的准确位置而惊讶。
自闭症儿童智力正常吗？少数患者具有超常技能。如电影《雨人》表现了一位复杂数字心算方面极具天赋的自闭症患者，他在拉斯维加斯赌博时表现出惊人的记忆力，还在其他方面具有超凡的计算能力。实际上，雨人的角色是建立在三个著名的自闭症学者症候群整合的基础上的。这类型的其他患者也在快速完成图片倒置的复杂拼图游戏、记忆电视节目表、收集复杂机械装备，或仅听一遍后对音乐片段再创作等方面表现出非凡的能力。
一些自闭症学者能毫不费力地说出某一日期是星期几，似乎具有万年历的计算技能。但这些特别技能单一而生僻，完全无法据此预测儿童的整体认知水平。比如，一个7岁的自闭症音乐天才，能够在仅听一次旋律的情况下，就将乐曲在任意六种乐器上弹奏出来，也能立即为该旋律配上复杂的和弦。然而他可能不会自己上厕所，不会对“你叫什么名字”这类简单问题做出回应，也无法完成“把门关上”的指令。尽管极具音乐天赋，但在功能层面上，他仍属于智力迟缓，并且需要不断干预。
